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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
10/06/2015 |
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Data da última atualização: |
02/03/2016 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
VERARDO, L. L.; SILVA, F. F.; VARONA, L.; RESENDE, M. D. V. de; BASTIAANSEN, J. W. M.; LOPES, P. S.; GUIMARÃES, S. E. F. |
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Afiliação: |
UFV; UFV; Universidad de Zaragoza; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; Wageningen University; UFV; UFV. |
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Título: |
Bayesian GWAS and network analysis revealed new candidate genes for number of teats in pigs. |
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Ano de publicação: |
2015 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Applied Genetics, v. 56, n. 1, p. 123-132, Feb. 2015. |
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DOI: |
10.1007/s13353-014-0240-y |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The genetic improvement of reproductive traits such as the number of teats is essential to the success of the pig industry. As opposite to most SNP association studies that consider continuous phenotypes under Gaussian assumptions, this trait is characterized as a discrete variable, which could potentially follow other distributions, such as the Poisson. Therefore, in order to access the complexity of a counting random regression considering all SNPs simultaneously as covariate under a GWAS modeling, the Bayesian inference tools become necessary. Currently, another point that deserves to be highlighted in GWAS is the genetic dissection of complex phenotypes through candidate genes network derived from significant SNPs. We present a full Bayesian treatment of SNP association analysis for number of teats assuming alternatively Gaussian and Poisson distributions for this trait. Under this framework, significant SNP effects were identified by hypothesis tests using 95 % highest posterior density intervals. These SNPs were used to construct associated candidate genes network aiming to explain the genetic mechanism behind this reproductive trait. The Bayesian model comparisons based on deviance posterior distribution indicated the superiority of Gaussian model. In general, our results suggest the presence of 19 significant SNPs, which mapped 13 genes. Besides, we predicted gene interactions through networks that are consistent with the mammals known breast biology (e.g., development of prolactin receptor signaling, and cell proliferation), captured known regulation binding sites, and provided candidate genes for that trait (e.g., TINAGL1 and ICK). MenosThe genetic improvement of reproductive traits such as the number of teats is essential to the success of the pig industry. As opposite to most SNP association studies that consider continuous phenotypes under Gaussian assumptions, this trait is characterized as a discrete variable, which could potentially follow other distributions, such as the Poisson. Therefore, in order to access the complexity of a counting random regression considering all SNPs simultaneously as covariate under a GWAS modeling, the Bayesian inference tools become necessary. Currently, another point that deserves to be highlighted in GWAS is the genetic dissection of complex phenotypes through candidate genes network derived from significant SNPs. We present a full Bayesian treatment of SNP association analysis for number of teats assuming alternatively Gaussian and Poisson distributions for this trait. Under this framework, significant SNP effects were identified by hypothesis tests using 95 % highest posterior density intervals. These SNPs were used to construct associated candidate genes network aiming to explain the genetic mechanism behind this reproductive trait. The Bayesian model comparisons based on deviance posterior distribution indicated the superiority of Gaussian model. In general, our results suggest the presence of 19 significant SNPs, which mapped 13 genes. Besides, we predicted gene interactions through networks that are consistent with the mammals known breast biology (e.g., developme... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Counting data; Inferência Bayesiana; SNP association; Teta de porco; Trato reprodutivo. |
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Thesagro: |
Gene; Melhoramento Genético Animal; Suíno. |
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Thesaurus Nal: |
genes; reproductive traits. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 41 | |
| 1. |  | SILVA, D. D. da; COTA, L. V.; COSTA, R. V. da; PARREIRA, D. F. Manejo de doenças. In: BORÉM, A.; PIMENTEL, L. D.; PARRELLA, R. A. da C. (Ed.). Sorgo: do plantio à colheita. Viçosa, MG: UFV, 2014. cap. 10, p. 242-265.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 7. | | PARREIRA, D. F.; ZAMBOLIM, L.; NEVES, W. dos S.; COSTA, R. V. da; COTA, L. V.; SILVA, D. D. da. A antracnose do milho. Revista Trópica - Ciências Agrárias e Biológicas, Chapadinha, v. 8, n. 1, p. 11-27, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 5 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 8. | | NOLASCO, A. A. R.; COSTA, R. V. da; COTA, L. V.; FERREIRA, P.; SILVA, D. D. da; PARREIRA, D. F. Avaliação de cultivares de milho quanto à incidência de grãos ardidos. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 28.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA DO CARTUCHO, 4., 2010, Goiânia. Potencialidades, desafios e sustentabilidade: resumos expandidos... Sete Lagoas: ABMS, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 9. | | SILVA, D. D. da; COTA, L. V.; MAY, A.; COSTA, R. V. da; PARREIRA, D. F.; LANZA, F. E. Controle químico da helmintosporiose em sorgo sacarino. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 30.; SIMPÓSIO SOBRE LEPDÓPTEROS COMUNS A MILHO, SOJA E ALGODÃO, 1., 2014, Salvador. Eficiência nas cadeias produtivas e o abastecimento global: resumos expandidos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | RAMOS, T. C. D. A.; COTA, L. V.; COSTA, R. V.; SILVA, D. D.; NOLASCO, A. A. R.; LANZA, F. E.; PARREIRA, D. F.; COSTA, G. M. C. Componentes epidemiológicos de isolados de Exserohilum turcicum em genótipos de sorgo. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 36, p. 979, ago. 2011. 1 CD-ROM. Suplemento. Edição dos resumos do 44º Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 2011, Bento Gonçalves. Resumo 1403.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 14. | | COSTA, R. V. da; SILVA, D. D. da; COTA, L. V.; PARREIRA, D. F.; FERREIRA, A. da S.; CASELA, C. R. Incidência de Colletotrichum graminicola em colmos de genótipos de milho. Summa Phytopathologica, Botucatu, v. 36, n. 2, p. 122-128, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 16. | | CAPUCHO, A. S.; ZAMBOLIM, L.; DUARTE, H. S. S.; PARREIRA, D. F.; FERREIRA, P. A.; LANZA, F. E.; COSTA, R. V. da; CASELA, C. R.; COTA, L. V. Influence of leaf position that correspond to whole plant severity and diagrammatic scale for white spot of corn. Crop Protection, Surrey, v. 29, n. 9, p. 1015-1020, 2010.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 17. | | SILVA, D. D. da; MENDES, S. M.; PARREIRA, D. F.; PACHECO, R. C.; MARUCCI, R. C.; COTA, L. V.; COSTA, R. V. da; FIGUEIREDO, J. E. F. Fungivory: a new and complex ecological function of Doru luteipes (Scudder) (Dermaptera: Forficulidae). Brazilian Journal of Biology, v. 82, e238763, 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 18. | | PARREIRA, D. F.; ZAMBOLIM, L.; GOMES, E. A.; COSTA, R. V. da; SILVA, D. D. da; COTA, L. V.; LANA, U. G. de P.; SILVA, E. C. F. Estimativa da diversidade genética de Colletotrichum graminicola com marcadores ISSR. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 28.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA DO CARTUCHO, 4., 2010, Goiânia. Potencialidades, desafios e sustentabilidade: resumos expandidos... Sete Lagoas: ABMS, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 19. | | PARREIRA, D. F.; COSTA, R. V. da; QUEIROZ, V. A. V.; SILVA, D. D. da; COTA, L. V.; ZAMBOLIM, L.; GUIMARAES, L. J. M. Efeito de níveis de nitrogênio e genótipos de milho sobre o acúmulo de fumonisina. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 30.; SIMPÓSIO SOBRE LEPDÓPTEROS COMUNS A MILHO, SOJA E ALGODÃO, 1., 2014, Salvador. Eficiência nas cadeias produtivas e o abastecimento global: resumos expandidos. Sete Lagoas: Associação Brasileira de Milho e Sorgo, 2014. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 20. | | PARREIRA, D. F.; ZAMBOLIM, L.; COSTA, R. V.; COTA, L. V.; SILVA, D. D.; NOLASCO, A. A. R.; COSTA, G. M. C.; SILVA, K. T. Preservação de Colletotrichum graminicola, agente causal da podridão do colmo do milho. Tropical Plant Pathology, Brasília, DF, v. 36, p. 320, ago. 2011. Suplemento. Edição dos resumos do 44º Congresso Brasileiro de Fitopatologia, 2011, Bento Gonçalves. Resumo 548.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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